Ο Νικηφόρος Κλαροτζάνε, κρητικός επίσης, με καταγωγή από το Ρέθυμνο βρισκόταν στην υπηρεσία του Οικουμενικού Πατριάρχη Κ. Λούκαρι και έζησε από κοντά τα δραματικά γεγονότα της εξόντωσής του. Το κοσμικό του όνομα ήταν Νικόλαος.

Χειροτονήθηκε Πατριάρχης στην Κωνσταντινούπολη, τον Μάιο του 1639 διαδεχόμενος τον Μητροφάνη Κριτόπουλο (διάδοχο του Σπαρταλιώτη) σε ατμόσφαιρα θρησκευτικής αναταραχής λόγω της λατινικής προπαγάνδας στις ορθόδοξες περιοχές της Ανατολής.

Ο νέος Πατριάρχης ενημέρωσε το ποίμνιό του για την εκλογή και αναχώρησε για τη Βλαχιά, τη Ρωσία και την Ιβηρία με στόχο την οικονομική ενίσχυση του Πατριαρχείου. Επέστρεψε στην Αλεξάνδρεια τον Οκτώβριο όμως συνήθιζε να μετακινείται συχνά, γεγονός που συνέβαλε στην διόγκωση προβλημάτων και στην επιδείνωση των σχέσεων Πατριαρχείου - Μονής Σινά.

Παρά την πολυτάραχη εποχή της πατριαρχείας του, ο Κρητικός Πατριάρχης Νικηφόρος Κλαροτζάνες, λόγω των πολλών επικοινωνιών, που είχε αναπτύξει, με τις τόσες αποδημίες του, είχε καταστεί ευρύτατα γνωστός, αλλά και εν πολλοίς αγαπητός και εκτιμητός ιεράρχης.