Είναι από τις σημαντικότερες εκκλησιαστικές προσωπικότητες του Γένους με τεράστια εθνική προσφορά, καθώς κατέλαβε τις ανώτερες θέσεις της εκκλησιαστικής ιεραρχίας και πριν καταλήξει στο Πατριαρχείο της Αλεξάνδρειας το οποίο αναμόρφωσε, διετέλεσε Οικουμενικός Πατριάρχης, μητροπολίτης Αθηνών και Αμερικής και μητροπολίτης Κυττίου στην Κύπρο.

Βενιζελικός, αναθεωρητής, ριζοσπάστης, αγαπήθηκε από το λαό, είχε αντιπάθειες σε ορισμένους εκκλησιαστικούς κύκλους. Γεννήθηκε στο χωρίο Πρασά ή Μεταξοχώρι Λασιθίου το 1871 και το 1889 έφυγε για τα Ιεροσόλυμα όπου ο θείος του βρισκόταν στην υπηρεσία του ηγουμένου του Αγίου Νικολάου.

Παρακολουθεί μαθήματα στο σχολείο του Παναγίου Τάφου, γίνεται διάκονος στη Δαμασκό, παρακολουθεί και αποφοιτά με άριστα από τη Σχολή του Σταυρού στα Ιεροσόλυμα, όπου είναι διευθυντής ο Χρυσόστομος Παπαδόπουλος μετέπειτα μητροπολίτης Αθηνών.

Γίνεται Αρχιγραμματέας την τριετία 1903-1906 στο Πατριαρχείο Ιεροσολύμων, όπου φέρνει τυπογραφείο και τυπώνει το περιοδικό «Νέα Σιών» μια από τις σημαντικότερες σήμερα γραπτές πηγές για την προάσπιση των δικαίων της Ορθοδοξίας. Ταξιδεύει στην Αλεξάνδρεια, την Μόσχα, την Κύπρο, την Βιέννη .

Το 1908, λόγω της διαμάχης μεταξύ Ελλήνων και Αράβων ορθοδόξων, ο Μελέτιος εκδιώκεται από τα Ιεροσόλυμα και το 1910 εκλέγεται μητροπολίτης Κυττίου στην Κύπρο, όπου ιδρύει Ιεροδιδασκαλείο, εκδίδει περιοδικά και συνεργάζεται στην σύνταξη του καταστατικού χάρτη της Εκκλησίας της Κύπρου. Το 1913, μετά από συνεννόηση με το Ε. Βενιζέλο πηγαίνει στο Αγιο Όρος όπου έχουν αρχίσει να εντείνονται οι ρωσικές βλέψεις και επιλύει το ζήτημα προ όφελος της Ελλάδας.

Ηταν ήδη γνωστός για τη δράση του, όταν εξελέγη μητροπολίτης Αθηνών τον Μάρτιο του 1918 και στο διάστημα των 32 μηνών που έμεινε στη θέση αυτή, έθεσε τις βάσεις της φιλανθρωπίας στην Ελλάδα ιδρύοντας τα φιλόπτωχα ταμεία των ενοριών και αναπτύσσοντας μια μεγάλη κοινωνική δράση. Ταξιδεύει στην Αμερική όπου ιδρύει της Αρχιεπισκοπή υπαγόμενη στο Φανάρι και παραμένει εκεί για ένα διάστημα μιλώντας σε συγκεντρώσεις ομογενών.

Το 1920 μετά την ήττα Βενιζέλου, εκδιώκεται από την μητρόπολη, πηγαίνει στην Αμερική και εκεί πληροφορείται στις 25 Νοεμβρίου 1921 ότι εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης. Φτάνει στην Πόλη, αφού περάσει από διάφορες ευρωπαικές χώρες όπου έχει συναντήσεις με τους πρωθυπουργούς και γίνεται δεκτός με ενθουσιώδη υποδοχή από τους Έλληνες.

Η εποχή είναι δύσκολη. Η καταστροφή, δεν αργεί να έρθει και ο Μελέτιος, ορθώνεται ως πραγματικός ηγέτης για να προσφέρει ανακούφιση στους κυνηγημένους Έλληνες και αλλόθρησκους. Ιδρύει την Κεντρική Επιτροπή και παρά τις δυσκολίες λόγω των πολιτικών παθών και των επιθέσεων που δέχεται από ιεράρχες καταφέρνει να συγκινήσει την Ευρώπη για το δράμα των προσφύγων.

Οι Τούρκοι, δεν τον θέλουν. Ο Βενιζέλος, αρνείται να δεχτεί στη Λωζάννη αντιπροσωπεία των Τούρκων η οποία ζητά απομάκρυνση του Πατριαρχείου και υπόσχεται να διευκολύνει την αποχώρηση του Μελετίου.

Ο Μελέτιος υποβάλλει την παραίτηση του, και φεύγει για την Ελλάδα. Στην Κηφισιά, όπου έμενε, έμαθε ότι εξελέγη Πατριάρχης Αλεξανδρείας. Από το 1926 ως το 1935 που πέθανε ,θα προσφέρει τεράστιες υπηρεσίες στον ελληνισμό και την Ορθοδοξία . Μαζί με τον Μελέτιο Πηγά, θεωρούνται οι σημαντικότεροι Πατριάρχες της Αλεξάνδρειας.

Τότε ιδρύθηκαν τέσσερις μητροπόλεις, σχολεία, τυπογραφείο, το Πατριαρχικό Ιεροδιασκαλείο «Αγιος Αθανάσιος», μεταφέρθηκε η πατριαρχική βιβλιοθήκη από το Κάιρο στην Αλεξάνδρεια όπου έγινε η εξακρίβωση και τακτοποίηση των άπειρων χειρογράφων.

Επισκέφτηκε όλες τις ενορίες της Αιγύπτου , της Αφρικής και τη Μονή Σινά και διατήρησε ένα ειρηνικό κλίμα σε σχέση με τα άλλα δόγματα. Πέθανε ξαφνικά από ανακοπή στις 28 Ιουλίου 1938. Για τον Μελέτιο Μεταξάκη έχουν γραφεί πολλά βιβλία, μελέτες και άρθρα τα οποία αναφέρονται στην πολυσχιδή του δράση.