Παράλληλα συνεχίζεται η συγγραφική παραγωγή του. Από την περίοδον αυτή προέρχονται τα έργα του: "Η Παναγία Καλυβιανή και τα Ιδρύματα", " Aγιος Ιωάννης ο Ερημίτης", " Aγιος Νεκτάριος Πενταπόλεως", "Ιερά Μονή Κουδουμά - "Αγιος Παρθένιος", "Επτά ματιές από τη Φαιστό". "Το κοινωνικό έργο της Εκκλησίας", "Πγιος Μεθόδιος Νιβρύτου", "Κοντά στον άρρωστο", " Ο Όσιος Χαράλαμπος της Καλυβιανής", "Νειάτα και ζωή (ραδιοφωνικές ομιλίες)", "Νειάτα και Πίστις (ραδιοφωνικές ομιλίες)" και "Μυστικά σήμαντρα (ποιήματα)". Από τον Σεπτέμβριο του 1962 επανεκδίδεται το περιοδικόν "Αναγέννησις" και οι εβδομαδιαίες ραδιοφωνικές εκπομπές γνωρίζουν αυξημένη ακροαματικότητα.

Η αναγνώριση της πολυσχιδούς προσφοράς του Μητροπολίτη Τιμοθέου είναι καθολική. Πάμπολλοι Σύλλογοι και Οργανώσεις την επιβραβεύουν, με αποκορύφωμα το Βραβείο, που του απονέμεται την 30η Δεκεμβρίου 1975 από το Ανώτατο Πνευματικόν Ίδρυμα της χώρας μας, την Ακαδημίαν Αθηνών.