Η Μονή είναι γυναικεία αφιερωμένη στην κοίμηση της Θεοτόκου, και εορτάζει 15 Αυγούστου, θεωρείται από τις πιο παλιές Μονές της Κρήτης, ακριβή χρονολογία ιδρύσεως της δεν είναι γνωστή, αυτή είναι και η μία από τις δύο εκδοχές της προέλευσης του ονόματος της Μονής, δηλαδή Παλαιά Μονή που με το πέρασμα των χρόνων έγινε Παλιανή, η άλλη εκδοχή συνδέει το όνομα Παλιανή, με την αρχαία πόλη Απολονία που ήταν λίγο πιο κάτω.

Στους βυζαντινούς χρόνους η Μονή ήταν Πατριαρχική και αυτοκρατορική, είχε μεγάλη δύναμη τεράστια περιουσία και πολλά μετόχια. Περισσότερα γνωρίζουμε για την Μονή από το 1217 όπου και κατέλαβαν την Κρήτη οι Ενετοί, από ένα πλήθος εγγράφων που υπάρχουν στο αρχείο της Βενετίας, καθώς οι Ενετοί όταν παρέδωσαν τον Χάνδακα στους Τούρκους το 1669 συμφώνησαν μαζί τους να πάρουν όλο το αρχείο που αφορούσε την Κυριαρχία τους πάνω στην Κρήτη.

Επί Τουρκοκρατίας ο μοναχισμός πλήρωσε βαρύ τίμημα και ιδιαίτερα οι γυναικείες Μονές, αφού ήταν πιο ευάλωτες, οι περισσότερες σταμάτησαν να υπάρχουν έπειτα από τουρκικές επιδρομές, η Μονή Παλιανής άντεξε μέχρι 1821, τότε στα πλαίσια της καταστολής της επανάστασης που είχε ξεσπάσει, οι Τούρκοι καταστρέψανε ολοκληρωτικά το Μοναστήρι, και από τις 70 Μοναχές σώθηκαν μόνο τρεις, από αυτές η μοναχή Παρθενία γύρισε πίσω και το ανασυγκρότησε, περνώντας τα χρόνια το μοναστήρι ανέκτησε μεγάλο μέρος της δύναμης του, και γνώρισε για αρκετές δεκαετίες και μέχρι σήμερα μεγάλη άνθηση.

Η Μονή Παλιανής έχει ως σήμα κατατεθέν την ιερή Μυρτιά, ένα αιωνόβιο δέντρο το οποίο εορτάζει 24 Σεπτεμβρίου, η Αγία Μυρτιά όπως την λένε οι καλογριές. Πιστεύεται ότι μέσα στον περιπεπλεγμένο κορμό της υπάρχει η εικόνα της Παναγίας, θεωρείται επίσης θαυματουργή και για αυτό έχει ένα πλήθος αφιερωμάτων κρεμασμένα στα κλαδιά της.