Οι θεολόγοι έχουν βρει διαφορές που χωρίζουν την Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία με την Ορθόδοξη Εκκλησία. Μεταξύ των διαφορών θεωρούνται:

- Οι Επίσκοποι της Παλαιάς Ρώμης, παρά τις μικρές και μη ουσιαστικές διαφορές, είχαν πάντοτε κοινωνία με τους Επισκόπους της Νέας Ρώμης και τους Επισκόπους της Ανατολής μέχρι το 1009-1014, όταν για πρώτη φορά κατέλαβαν τον θρόνο της Παλαιάς Ρώμης οι Φράγκοι Επίσκοποι. Μέχρι το 1009 οι Πάπες της Ρώμης και οι Πατριάρχες της Κωνσταντινουπόλεως ήσαν ενωμένοι στον κοινό αγώνα εναντίον των Φράγκων Ηγεμόνων και Επισκόπων, αλλά και των κατά καιρούς αιρετικών.

- Οι Φράγκοι στην Σύνοδο της Φραγκφούρτης το 794 κατεδίκασαν τις αποφάσεις της Ζ’ Οικουμενικής Συνόδου και την τιμητική προσκύνηση των ιερών εικόνων. Επίσης το 809 οι Φράγκοι εισήγαγαν στο Σύμβολο της Πίστεως το Filioque, την διδασκαλία δηλαδή περί της εκπορεύσεως του Αγίου Πνεύματος εκ του Πατρός και εκ του Υιού. Αυτήν την εισαγωγή κατεδίκασε τότε και ο ορθόδοξος Πάπας της Ρώμης. Στην Σύνοδο της Κωνσταντινουπόλεως επί Μεγάλου Φωτίου, στην οποία συμμετείχαν και εκπρόσωποι του ορθοδόξου Πάπα της Ρώμης, κατεδίκασαν όσους είχαν καταδικάσει τις αποφάσεις της Ζ’ Οικουμενικής Συνόδου και όσους προσέθεσαν στο Σύμβολο της Πίστεως το Filioque. Όμως για πρώτη φορά ο Φράγκος Πάπας Σέργιος Δ' το 1009 στην ενθρονιστήρια επιστολή του προσέθεσε στο Σύμβολο της Πίστεως το Filioque και ο Πάπας Βενέδικτος Η’ εισήγαγε το πιστεύω με το Filioque στην λατρεία της Εκκλησίας, οπότε ο Πάπας διεγράφη από τα δίπτυχα της Ορθοδόξου Εκκλησίας.

Εκτός από την θεμελιώδη διαφορά μεταξύ της Ορθοδόξου Εκκλησίας και του Παπισμού στο θέμα της ουσίας και ενεργείας στον Θεό, υπάρχουν άλλες μεγάλες διαφορές, που έγιναν κατά καιρούς αντικείμενα θεολογικών διαλόγων, ήτοι:

- το Filioque, ότι το Άγιον Πνεύμα εκπορεύεται από τον Πατέρα και τον Υιό με αποτέλεσμα να μειώνεται η μοναρχία του Πατρός, να καταργείται η τέλεια ισότητα των προσώπων της Αγίας Τριάδος, να μειώνεται ο Υιός κατά την ιδιότητά Του να γεννά, εάν υπάρχει ενότητα μεταξύ Πατρός και Υιού, να υποτιμάται το Άγιον Πνεύμα ως μη ισοδύναμο και ομόδοξο με τα άλλα πρόσωπα της Αγίας Τριάδος, αφού παρουσιάζεται ωσεί "πρόσωπο στείρο",

- η χρησιμοποίηση αζύμου άρτου στην Θεία Ευχαριστία που παραβαίνει τον τρόπο με τον οποίο ο Χριστός ετέλεσε το μυστικό δείπνο,

- ο καθαγιασμός των "τιμίων δώρων" που γίνεται όχι με την επίκληση, αλλά με την απαγγελία των ιδρυτικών λόγων του Χριστού "λάβετε φάγετε... πίετε εξ αυτού πάντες...",

- η θεωρία ότι η σταυρική θυσία του Χριστού εξιλέωσε την θεία δικαιοσύνη, που παρουσιάζει τον Θεό Πατέρα ως φεουδάρχη και παραθεωρεί την Ανάσταση,

- η θεωρία περί της "περισσευούσης αξιομισθίας" του Χριστού και των αγίων που την διαχειρίζεται ο Πάπας,

- ο χωρισμός και η διάσπαση μεταξύ των μυστηρίων Βαπτίσματος, Χρίσματος, και Θείας Ευχαριστίας,

- η διδασκαλία περί της κληρονομήσεως της ενοχής του προπατορικού αμαρτήματος,

- οι λειτουργικές καινοτομίες σε όλα τα μυστήρια της Εκκλησίας (Βάπτισμα, Χρίσμα, Ιερωσύνη, Εξομολόγηση, Γάμος, Ευχέλαιον),

- η μη μετάληψη των λαϊκών από το "Αίμα" του Χριστού,

- το πρωτείο του Πάπα, κατά το οποίο ο Πάπας είναι "ο episcopus episcoporum και η πηγή της ιερατικής και της εκκλησιαστικής εξουσίας, είναι η αλάθητος κεφαλή και ο Καθηγεμών της Εκκλησίας, κυβερνών αυτήν μοναρχικώς ως τοποτηρητής του Χριστού επί της γής" (Ι. Καρμίρης). Με αυτήν την έννοια ο Πάπας θεωρεί τον εαυτό του διάδοχο του Αποστόλου Πέτρου, στον οποίον υποτάσσονται οι άλλοι Απόστολοι, ακόμη και ο Απόστολος Παύλος,

- η μη ύπαρξη συλλειτουργίας κατά τις λατρευτικές πράξεις,

- το αλάθητο του Πάπα,

- το δόγμα της ασπίλου συλλήψεως της Θεοτόκου και γενικά η Μαριολατρεία, κατά την οποία η Παναγία ανυψώνεται στην Τριαδική θεότητα και μάλιστα γίνεται λόγος και για Αγία Τετράδα,

- οι θεωρίες της analogia entis και analogia fidei που επικράτησαν στον δυτικό χώρο.

- η συνεχής πρόοδος της Εκκλησίας στην ανακάλυψη των πτυχών της αποκαλυπτικής αλήθειας,

- η διδασκαλία περί του απολύτου προορισμού,

- η άποψη περί της ενιαίας μεθοδολογίας για την γνώση του Θεού και των κτισμάτων, η οποία οδήγησε στην σύγκρουση μεταξύ θεολογίας και επιστήμης. Επίσης, "η σημασία και ο ρόλος των Επισκόπων μέσα στην ρωμαϊκή Εκκλησία δεν είναι παρά απλή εκπροσώπηση της παπικής εξουσίας, στην οποία και οι ίδιοι οι Επίσκοποι υποτάσσονται, όπως οι απλοί πιστοί".

-Το Βατικανό είναι κράτος και ο εκάστοτε Πάπας είναι ο ηγέτης του Κράτους του Βατικανού. Πρόκειται για μια ανθρωποκεντρική οργάνωση, για μια εκκοσμίκευση και μάλιστα θεσμοποιημένη εκκοσμίκευση. Το Κράτος του Βατικανού ιδρύθηκε το 755 από τον Πιπίνο τον Βραχύ, πατέρα του Καρλομάγνου και στην εποχή μας αναγνωρίσθηκε το 1929 από το Μουσολίνι. Είναι σημαντική η αιτιολογία της ανακηρύξεως του Παπικού Κράτους, όπως το υποστήριξε ο Πίος ΙΑ’: "ο επί της γης αντιπρόσωπος του Θεού δεν δύναται να είναι υπήκοος επιγείου κράτους". Ο Χριστός ήταν υπήκοος επιγείου κράτους, ο Πάπας δεν μπορεί να είναι! Η παπική εξουσία συνιστά θεοκρατία, αφού η θεοκρατία ορίζεται ως ταύτιση κοσμικής και εκκλησιαστικής εξουσίας σε ένα πρόσωπο. Σήμερα θεοκρατικά κράτη είναι το Βατικανό και το Ιράν.