Τα σχέδια επί χάρτου έχουν πάντα λιγότερο κόστος από την υλοποίηση των έργων που είναι και το ζητούμενο, ειδικά την τρέχουσα περίοδο, που η στρόφιγγα των χρηματοδοτήσεων έχει περιοριστεί. Ο κ. Αρναουτάκης είχε δηλώσει πριν περίπου ένα χρόνο ότι το κόστος υλοποίησης του σχεδιασμού ανέρχεται στα 130 εκατομμύρια ευρώ, ενώ ο βασικός κορμός της μελέτης αναθεώρησης κοστολογείται στα 140 εκατομμύρια ευρώ και έχει ετήσιο λειτουργικό κόστος περί τα 18,5 εκατομμύρια ευρώ.
Αναμφισβήτητα το μεγαλύτερο κόστος είναι αυτό των μονάδων επεξεργασίας, που (όπως φαίνεται στο σχετικό πίνακα) ανέρχεται στα 87,3 εκατομμύρια ευρώ.
Το κόστος των Σταθμών Μεταφόρτωσης φτάνει τα 4,9 εκατομμύρια ευρώ και το κόστος δημιουργίας των Πράσινων Σημείων είναι 4 εκατομμύρια ευρώ.
Στην υλοποίηση του σχεδιασμού της Περιφέρειας Κρήτης, σημαντικό ρόλο θα παίξουν τα ιδιωτικά κεφάλαια χωρίς τα οποία το εγχείρημα δύσκολα θα περπατήσει.
Σύμφωνα με το χρηματοδοτικό πλαίσιο που προτείνεται στη μελέτη, η ολοκληρωμένη διαχείριση των Αστικών Στερεών Αποβλήτων (ΑΣΑ), θʼ απαιτήσει επενδύσεις σημαντικών κεφαλαίων, “η προέλευση των οποίων πρέπει να εξασφαλιστεί απʼ όλες τις διαθέσιμες πηγές”.
Σύμφωνα πάντα με τη μελέτη οι διαθέσιμες πηγές χρηματοδότησης είναι:
-Πόροι του ΕΣΠΑ της περιόδου 2007- 2013, που σημειωτέον βρίσκεται λίγο πριν τη λήξη του
-Αυτοχρηματοδότηση ή Συμπράξεις Δημοσίου Ιδιωτικού Τομέα (ΣΔΙΤ)
-Πόροι των ΟΤΑ Περιφέρειας Κρήτης (τέλη χρέωσης των παρεχομένων υπηρεσιών του ΦΟΣΔΑ)
-Πρόγραμμα ΕΛΛ.Α.Δ.Α.
-Ιδιωτικές επενδύσεις (Επενδυτικός Νόμος, Ε. Π. Ανταγωνιστικότητα).
Επίσης η μελέτη παρουσιάζει την προτεινόμενη μορφή Σύμπραξης, η οποία αποτελεί συνδυασμό: μελέτης, κατασκευής, χρηματοδότησης, συντήρησης, λειτουργίας και εκμετάλλευσης.

