Η λέξη μπονσάι έχει ρίζες από την σύνθετη κινεζική λέξη pen-sai που σημαίνει δέντρο σε δοχείο.

Δεν είναι κάποιο συγκεκριμένο είδος δέντρου-φυτού.

Ξεκίνησε πριν από αιώνες από ορισμένους Κινέζους μοναχούς οι οποίοι είχαν παρατηρήσει δεντράκια ανεμοδαρμένα, ταλαιπωρημένα πάνω σε γκρεμούς και σε άγονα σημεία τα οποία είχαν παραμορφωθεί και είχαν κρατηθεί μικρά από την ίδια την φύση.

Άρχισαν να τα συλλέγουν και να τα καλλιεργούν στον χώρο τους και τα συμπεριέλαβαν στην φιλοσοφία-θρησκεία τους επειδή πίστευαν ότι περιείχαν θετική ενέργεια. Αργότερα τα υιοθέτησαν Ιάπωνες αριστοκράτες και τα καθιέρωσαν σαν τέχνη στην Ιαπωνία.

Στην Δύση διαδόθηκαν μέσω μιας έκθεσης η οποία έγινε αρχές του προηγούμενου αιώνα στην Ευρώπη.

Σήμερα οι 2 αυτές χώρες είναι οι μεγαλύτεροι παραγωγείς και εξαγωγείς δέντρων.