Μετά τη σύλληψή του ο Ιωάννης Ιωαννίδης μεταφέρθηκε στη Νεάπολη κι αμέσως μετά στις στρατιωτικές φυλακές του Ηρακλείου, μαζί με πολλούς Ηρακλειώτες κρατούμενους. Στις 20 Μαρτίου έστειλε επιστολή στη σύζυγό του στην οποία αναφερόταν στις συνθήκες κράτησης του, στους χειρισμούς που έπρεπε να κάνει η σύζυγός του, ενώ μιλούσε και για άλλες μεγάλες μορφές της εποχής, που ήταν μαζί του στις φυλακές.
Στρατιωτικαί φυλακαί 20/3/35
Αγαπημένη μου Αριστέα
Χθες ήλθα όπως σού τηλεγράφησα. Παρουσιάσθηκα στον ανακριτή, όστις εζήτησε την δικογραφία από τα Χανιά. Ελπίζω Δευτέρα ή Τρίτη να απολογηθώ και εάν χρειασθή θα πρέπει οι μάρτυρες υπερασπίσεως να έλθουν Τετάρτη. Πάντως όταν σού τηλεγραφήσω. Να συνεννοηθής το Μανώλη Στυλιανάκη ώστα να ενδιαφερθή δια τους μάρτυρας και τοιούτους σκέπτομαι τους κάτωθι τους οποίους και να ρωτήση αν δέχωνται να έλθουν 1) Γεωρ. Κατσούλην, Ιωσήφ Σακκαδάκην, Μιχαήλ Χλουβεράκην, Μιχαήλ Λατζανάκην, Εμμ. Τακάκην, Φραντζέσκον Οικονόμου, Γεωργ. Πετυχάκην, Ιωάννην Πατεράκην, Γεωργ. Περογιαννάκην.
Τώρα βέβαια μπορεί να μη χρειασθούν όλοι. Εγώ θα σάς τηλ/σω πόσους και σεις θα φροντίσετε σχετικώς. Αυτά τα ζητήματα θα τα κανονίζη ο Μανώλης μαζί με το Χλουβεράκη εκτός εάν όλοι μάς εγκατέλειψαν. Να μού γράψης αμέσως σε γράμμα μέσα στου Χριστόφορου.
Η υποδοχή μου εδώ ήτο ανωτέρα της Νεαπόλεως. Από την πόρτα μʼ ωδήγησαν δυό κρατούμενοι λοχαγοί πάνω σʼ ένα τραπέζι και σε χαρτί με έβαλαν κι έβαλα το χέρι μου, οι δε άλλοι εφώναζαν άξιος άξιος. Εδώ μέσα μένουν ο Κωνσταντινίδης, Σαχλαμπάνης, Μανασάκης, Περδικογιάννης, Ζωγράφος, Μαλαγαρδής, Μανδελενάκης, ο Φουντουλάκης, οι Ταγματάρχαι Μπρατσινάκης, Μπετεινάκης, Αλεξάκης, ο λοχαγός Τζουλάκης, Ξυλούρης, ο Διοικητής Χρ/κής Αγίου Νικολάου Κριαράς, ο Μαρής Αλκ. Ο Ιερεμίας, ο βουλευτής Γαλανάκης και ιατρός Γαλανάκης, λοχαγός Καστρινός, υπ/γός Φραντζεσκάκης και άλλοι εν συνόλω 29. Χθες το απόγευμα ήτο εδώ και η Ανθούλα του Φουντουλάκη. Ήλθαν επίσης ο Παύλος, Χριστόφορος, Ζαχαρίας και Κωστής. Κάθε Δευτέρα, Τετάρτη και Παρασκευή απόγευμα έρχονται όλων οι συγγενείς ελεύθερα και χθες ήτο χαλασμός κόσμου. Άκουα που έλεγαν σε πολλές παρέες, ο άνδρας της Αριστέας.
Από του Χριστόφορου μού έστειλαν ρούχα και μου στέλλουν, μεσημέρι βράδυ, φαγητό με την Αλισαβάκη. Παίζουμε χαρτιά και τάβλι όλη την ώρα. Το μεσημέρι έφαγα με τους διαφόρους αξιωματικούς, το βράδυ κατά παράκλησιν με το Μανασάκη και Σακλαμπάνη.
Να μη στεναχωράσαι καθόλου για μένα. Φρόντιζε για τον εαυτό σουκαι το παιδί. Ελπίζω γρήγορα να συναντηθούμε. Εδώ έρχονται χωρικοί και λένε σε όλους, μη στενοχωράσθε για τίποτε, και την περιουσία να σάς πάρουν καθένας μας θα σάς δώση ενός εργάτου αμπέλι. Είμεθα τόσοι κι εσείς λίγοι ώστε να σάς ζήσωμε.
Γράψε μου τι λέγει ο κόσμος αυτού. Το γράμμα μου δώσε να διαβάση ο Στυλιανάκης να πη και στους άλλους. Θάρρος και ψυχραιμία πρέπει νάχης και να βγαίνης έξω με υψηλά το κεφάλι. Φίλησέ μου το παιδί. Χαιρετισμούς σε όλους.
Σε φιλώ
Γιάννης
