Μια αναπάντεχη προσφορά του Μουσείου στον επισκέπτη είναι τα σωζόμενα αρχαιολογικά κατάλοιπα αρχαίων ιδιωτικών σπιτιών και εργαστηρίων που απλώνονταν στους νότιους πρόποδες της Ακρόπολης και αποκαλύφθηκαν στο οικόπεδο του Μουσείου. Η αποκάλυψη έγινε κατά τη διάρκεια των αρχαιολογικών ανασκαφών που προηγήθηκαν της κατασκευής του κτηρίου, στο κατώτερο επίπεδο του Μουσείου. Η ανασκαφή θα είναι προσπελάσιμη στον επισκέπτη μέσω ενός δικτύου ειδικών προσβάσεων.
Στο Νέο Μουσείο της Ακρόπολης εκτίθενται τα ευρήματα σε ένα χώρο γύρω στα 14.000 μ². Το πρώτο μεγάλο σύνολο εκθεμάτων υποδέχεται τον επισκέπτη στο επίπεδο της εισόδου, όπου σε μια ευρύχωρη αίθουσα με κεκλιμένο δάπεδο παρουσιάζονται τα ευρήματα από τις κλιτύες της Ακρόπολης. Ακολουθεί μια τεράστια υπόστυλη αίθουσα, η οποία φιλοξενεί τα έργα της Αρχαϊκής Εποχής. Ο επισκέπτης στη συνέχεια βλέπει τα έργα του Αυστηρού Ρυθμού, που τον προετοιμάζουν για την Κλασική Εποχή. Ανεβαίνοντας ακολούθως στον τελευταίο όροφο του Μουσείου βρίσκεται σε ένα κατάφωτο αίθριο και από εκεί στην Αίθουσα του Παρθενώνα, όπου μπορεί να παρακολουθεί την εξέλιξη της Πομπής των Παναθηναίων γύρω από τον πυρήνα του κτηρίου, που έχει τις διαστάσεις του σηκού του Παρθενώνα, να βλέπει τις μετόπες ανάμεσα στους κίονες της Αίθουσας και τις θαυμάσιες αετωματικές συνθέσεις στα δυτικά και ανατολικά. Κάνοντας την αρχαιολογική διαδρομή μπορεί να απολαύσει πάνω από την αστική κορυφογραμμή της Αθήνας τον Υμηττό στα νότια, το λόφο του Φιλοπάππου στα δυτικά, το Λυκαβηττό στα ανατολικά και ολόκληρη την Ακρόπολη στα βόρεια. Η πορεία του επισκέπτη ολοκληρώνεται με τη διαδρομή μπροστά από τα Μεταπαρθενώνεια γλυπτά, τα Έργα της Ελληνιστικής Εποχής και εκείνα της Ρωμαιοκρατίας.
Με την έναρξη λειτουργίας του Μουσείου οι επισκέπτες θα μπορούν να απολαύσουν ένα καφέ στο ισόγειο ή ένα γεύμα στο Εστιατόριο του Μουσείου, το οποίο διαθέτει μια από τις πιο πανοραμικές απόψεις της Ακρόπολης. Παράλληλα με τη μόνιμη συλλογή, προσωρινές εκθέσεις θα εμπλουτίσουν το εκθεσιακό πρόγραμμα, ενώ το αμφιθέατρο και το σαλόνι πληροφόρησης θα επιτρέπουν στον επισκέπτη να αποκτήσει περαιτέρω πληροφόρηση σχετικά με τη ζωή στην Ακρόπολη κατά την αρχαιότητα. Τα δύο πωλητήρια του Μουσείου θα δίνουν τη δυνατότητα στον επισκέπτη να πάρει μαζί του ένα αναμνηστικό που θα αποτελεί μια διαρκή υπενθύμιση της ανάγκης του να επιστρέψει.
