Μέσα στο μουσείο θα γίνεται συνεχής «έλεγχος ποιότητας εσωτερικού περιβάλλοντος». Ενα σύστημα από φίλτρα θα καθαρίζει τον αέρα από μονοξείδιο και διοξείδιο του άνθρακα, που φθείρει τα γλυπτά. Μην ξεχνάμε ότι κάποια από αυτά -όπως οι Καρυάτιδες- βγήκαν πρόσφατα στον «ανθρακούχο» αθηναϊκό αέρα από την αποθήκευσή τους σε άζωτο. Ταυτόχρονα θα ελέγχεται το επίπεδο υπεριωδών ακτινοβολιών, που φιλτράρονται από τις γυάλινες επιφάνειές του. Μελετάται και η εγκατάσταση ενός συστήματος παρακολούθησης και καταγραφής της αντίδρασης του κτηρίου στη σεισμική δραστηριότητα, παράλληλα με τον έλεγχο του αέρα και του φωτός στα χρώματα.