Τα πράγματα όμως είναι πιο ακατανόητα σε σχέση με τη σκοτεινή ενέργεια. Σύμφωνα με την κυρίαρχη θεωρία, η ενέργεια αυτή πρέπει να υπάρχει γιατί οι μετρήσεις που συγκρίνουν την αναμενόμενη φωτεινότητα των αρχαίων σούπερ-νόβα (υπερκαινοφανών υπέρλαμπρων αστέρων) με αυτήν που πραγματικά συλλαμβάνουν τα τηλεσκόπια, υποδεικνύουν ότι κάτι σπρώχνει τα πάντα στο σύμπαν να απομακρυνθούν με ταχύτητα μεγαλύτερη από την εκτιμώμενη ταχύτητα επέκτασης του διαστήματος μετά τη "Μεγάλη Έκρηξη" (το "Μπιγκ-Μπανγκ" που έδωσε την εναρκτήρια ώθηση στο σύμπαν). Αυτό το "κάτι" πρέπει να είναι μια μορφή ενέργειας και οι υπολογισμοί δείχνουν ότι κάθε άλλο παρά αμελητέο είναι, αφού συνιστά το 74% του σύμπαντος. Κανείς όμως δεν ξέρει από τι αποτελείται αυτή η ενέργεια, αν και ελπίζεται ότι η ανακάλυψη του μποσονίου του Χιγκς ίσως ρίξει κάποιο φως στη φύση της.

Ένα άλλο μυστήριο, το οποίο ο LHC μπορεί να λύσει, είναι η αληθινή φύση της λεγόμενης "θεωρίας του παντός", που η Φυσική προσδοκά κάποτε να αναπτύξει. Μέχρι πρόσφατα υπήρχε συναίνεση των φυσικών ότι θα επρόκειτο για μια μορφή της "θεωρίας των χορδών", η οποία, μεταξύ άλλων, υποστηρίζει ότι το σύμπαν έχει, ούτε λίγο ούτε πολύ, 11 διαστάσεις. Στη θεωρία αυτή τα σωματίδια γίνονται αντιληπτά ως δονούμενες πολυδιάστατες "χορδές". Ο τρόπος δόνησής τους καθορίζει και τη φύση κάθε σωματιδίου.

Εσχάτως όμως η θεωρία των χορδών έχει βρει έναν ανταγωνιστή στο πρόσωπο της θεωρίας της "κβαντικής βαρύτητας βρόχων" (loop quantum gravity), η οποία υποστηρίζει ότι τα σωματίδια δεν είναι ξεχωριστά από το χώρο και το χρόνο, αλλά μάλλον ο χώρος και ο χρόνος αποτελούνται από "λωρίδες" σε σχήμα θηλιάς (βρόχου), οι οποίες, όταν διαπλέκονται με ορισμένους τρόπους, γίνονται αντιληπτές ως σωματίδια.

Τέλος, ο LHC της Γενεύης δεν αποκλείεται να κάνει το θαύμα του και να δημιουργήσει μικρές "μαύρες τρύπες", οι οποίες πάντως δεν πρόκειται να καταπιούν τη Γη - όπως καθησύχασαν οι επιστήμονες τους ανησυχούντες! Απλώς δεν θα διαρκέσουν τόσο πολύ, ώστε να καταφέρουν κάτι τέτοιο.

Αυτό που αναμένεται να συμβεί, είναι να διαλυθούν γρήγορα στη λεγόμενη "ακτινοβολία Χόκινγκ", μια θεωρία του διάσημου φυσικού, που αν όντως επιβεβαιωθεί από τα πειράματα του LHC, θα του δώσει πιθανότατα το επόμενο βραβείο Νόμπελ Φυσικής.