Το Κεντρικό Πειθαρχικό Συμβούλιο στις 29-9-2002, λίγους μήνες μετά την καταδίκη του εν λόγω γιατρού από το ποινικό δικαστήριο, εξέδωσε αθωωτική απόφαση για αυτόν , κρίνοντας ότι ο θάνατος της Αυγενάκη, δεν οφειλόταν σε ιατρικό λάθος. Τον αθώωσε επίσης - κατά πλειοψηφία- και από το παράπτωμα ότι δεν είχε ενημερώσει την ασθενή, για τη μορφή της επέμβασης, η οποία θα γινόταν λαπαροσκοπικά, με το ακόλουθο σκεπτικό: « Ο γιατρός, δεν παραβαίνει τους κανόνες της ιατρικής δεοντολογίας με το να παραλείψει ενημέρωση του ασθενούς για εξαιρετικά σπάνιες επιπλοκές που αναφέρονται μόνο στη βιβλιογραφία, αφετέρου δε, δεν αναμενόταν από ένα, με μέση ικανότητα αντίληψης ασθενή, που δεν είχε εναλλακτική δυνατότητα θεραπείας, να λάβει διαφορετική απόφαση για τη θεραπεία του, αν ενημερωνόταν ότι υπάρχει πιθανότητα (μια στις 49.000) εκθέσεως της ζωής του σε κίνδυνο».

Δυό από τα έξη μέλη του ΚΠΣ, είχαν την άποψη, ότι κακώς ο γιατρός, δεν ενημέρωσε την ασθενή και τους οικείους του, για τη μέθοδο που θα εφάρμοζε, η οποία θα διέφερε από την κλασική».

Για το θέμα της υπερνατριαιμίας, τα μέλη του ΚΠΣ αποφάσισαν ομόφωνα ότι ο γιατρός, χρησιμοποίησε διάλυμα 15% σε νάτριο ενώ η βιβλιογραφία αναφέρει ως συνήθη τη χρήση διαλύματος 20% και 30%. Η υπερνατριαιμία εμφανίστηκε μετά την επέμβαση, και όχι κατά τη διάρκεια της ώστε ο γιατρός να την αντιληφθεί . Επίσης, το ΚΠΣ δέχεται την αποψη του γιατρού και των μαρτύρων που κατέθεσαν υπέρ του, ότι η απορρόφηση του νατρίου έγινε από τα τριχοειδή αγγεία με τα οποία οι εχινόκοκκες κύστεις, επικοινωνούσαν με το ήπαρ και το δωδεκαδάκτυλο, πράγμα το οποίο δεν ήταν δυνατόν να διαπιστωθεί κατά τη διάρκεια της επέμβασης, καθώς δεν είναι ορατά δια γυμνού οφθαλμού».