Μετρά αντίστροφα ο χρόνος για την αποκατάσταση του πολύπαθου Καπετανάκειου, καθώς τη Δευτέρα ο δήμαρχος Ηρακλείου κ. Β.Λαμπρινός υπογράφει τη σύμβαση ανάθεσης του έργου συνολικού προϋπολογισμού 3.568.780 ευρώ. Αμέσως μετά την υπογραφή της σύμβασης αναμένεται να εγκατασταθεί ο εργολάβος και να ξεκινήσουν οι εργασίες διαμόρφωσης, που δρομολογήθηκαν μετά από τον πολύχρονο και διεκδικητικό αγώνα της μαθητικής και εκπαιδευτικής κοινότητας.

Όπως είναι γνωστό, το Καπετανάκειο έχει μια περίοπτη θέση στη λίστα των κτιρίων που αποτελούν το ιστορικό απόθεμα του Ηρακλείου. Όπως αναφέρεται στην τεχνική μελέτη του έργου, «το 1881 η Γενική συνέλευση των Κρητών αποφάσισε την ίδρυση ενός πλήρους Γυμνασίου στο Ηράκλειο. Ήδη από την ίδρυσή του, το Α΄ Αρρένων Γυμνάσιο Ηρακλείου αντιμετώπιζε κτιριακό πρόβλημα, καθώς δεν διέθετε ιδιόκτητο κτίριο.

Επί σειρά ετών στεγαζόταν σε διάφορα σπίτια και κτίρια μέσα στην πόλη.  Μόνιμη στέγη απέκτησε το σχολείο μόλις το έτος 1948, καθώς του παραχωρήθηκε το σημερινό κτίριο που είχε  κατασκευαστεί με δωρεά του Αντ. Καπετανάκη και της συζύγου του Βικτωρίας  Καλοκαιρινού- Καπετανάκη πάνω στον προμαχώνα του Αγίου Δημητρίου του ενετικού τείχους, ανατολικά της πύλης του Λαζαρέτου και των Τριών Καμαρών. Το σχολικό έτος 1948-49 παραχωρείται τελικά το κτίριο για χρήση σχολείου.

Το 1950-1951 διασπάστηκε σε 1ο και 2ο Γυμνάσιο Αρρένων. Αρχικά τα δύο σχολεία κατέλαβαν τη δυτική πτέρυγα του κτιρίου και συνυπήρχαν με τις στρατιωτικές υπηρεσίες που εξακολούθησαν να στεγάζονται στην ανατολική. Τελικά, το 1954-55, μετά από τριετείς  ενέργειες του Γυμνασιάρχη Μιχαήλ Καφετζάκη, οι στρατιωτικές υπηρεσίες εγκατέλειψαν το κτίριο.

Έτσι τα δύο Γυμνάσια λειτουργούσαν πια μόνο πρωί, το 1ο Γυμνάσιο στη δυτική πτέρυγα και το 2ο στην ανατολική. Στο Καπετανά- κειο  φιλοξενήθηκε από το 1952 ως το 1958 και η Σχολή Υπομηχανικών που υπαγόταν στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Εκεί επίσης στεγάστηκε και το Γυμνάσιο Θηλέων για ένα χρόνο, μετά το μεγάλο σεισμό στις 14-5-1959, ώσπου να επισκευαστεί το δικό του κτίριο, το Βαλιδέ Τζαμί. Από το 1959-60 μέχρι το 1963-64 ήταν εξατάξιο.

Από το 1964-65, με τη μεταρρύθμιση του Παπανούτσου, χωρίστηκε σε δύο κύκλους, δηλαδή τριτάξιο Γυμνάσιο και τριτάξιο Λύκειο. Το 1967-68, μετά την επιβολή της δικτατορίας της 21ης Απριλίου, το Γυμνάσιο και το Λύκειο ενοποιήθηκαν ξανά, καθώς τα σχολεία της Μέσης εκπαίδευσης έγιναν εξατάξια Γυμνάσια.

Από το 1976-77, μετά τη μεταπολίτευση, το καθεστώς των σχολείων άλλαξε ξανά, και το 1ο Γυμνάσιο διαιρέθηκε σε τριτάξιο Α΄ Γυμνάσιο και τριτάξιο Α΄ Λύκειο Αρρένων Ηρακλείου με βάσει τον νόμο 309/76. Το 1979-1980 έγινε μικτό, όπως και όλα τα σχολεία Μέσης Εκπαίδευσης και μετονομάστηκε σε 1ο Λύκειο Ηρακλείου ή Καπετανάκειο, όνομα που διατηρεί ακόμη σήμερα. ήμερα στεγάζονται το 1ο Γυμνάσιο και το 1ο Λύκειο, καθώς και το Εσπερινό Γυμνάσιο».