Σύμφωνα με τον διοικητή της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας Κωνσταντίνο Λιντζεράκο, το αεροσκάφος εξήλθε του ελληνικού FIR στις 03:26 (ώρα Ελλάδας) κι ενώ πετούσε στα 37.000 πόδια και η ταχύτητά του ήταν 519 μίλια.

Όπως δήλωσε στο Mega ο κ. Λιντζεράκος, ο ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας είχε ήδη επικοινωνήσει με τον πιλότο του αεροσκάφους όταν εκείνο βρισκόταν στην Κέα, στις 02:55 (ώρα Ελλάδας) και ο πιλότος δεν ανέφερε κάποιο πρόβλημα.

Ο ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας προσπάθησε να επικοινωνήσει εκ νέου με τον πιλότο της EgyptAir, όταν το αεροσκάφος βγήκε από το ελληνικό FIR και πέρασε στο FIR της Αιγύπτου, προκειμένου να τον ενημερώσει για την αλλαγή FIR και πύργου ελέγχου. Ωστόσο, ο πιλότος δεν ανταποκρίθηκε στις εκκλήσεις του ελεγκτή.

Στις 03:29 κι ενώ το αεροσκάφος βρισκόταν επτά μίλια εντός FIR Αιγύπτου χάθηκε από το ραντάρ. Βρισκόταν νοτιοανατολικά της θέσης Κούμπι στην ανατολική Κρήτη, σύμφωνα με τον κ. Λιντζεράκο.

Αμέσως ενημερώθηκε το Κάιρο, που είχε άγνοια για τα δεδομένα του αεροσκάφους, ενώ παράλληλα επιχειρήθηκε να εντοπιστεί το αεροσκάφος από στρατιωτικά ραντάρ, σε περίπτωση που πετούσε πολύ χαμηλά. Ωστόσο, ούτε αυτή η προσπάθεια είχε αποτέλεσμα.

Έτσι, άμεσα ξεκίνησαν οι διαδικασίες έρευνας και διάσωσης από την πλευρά της Ελλάδας, όπως τόνισε ο διοικητής της Πολιτικής Αεροπορίας.

Από τις δηλώσεις του κ. Λιντζεράκου προκύπτει ότι ο πιλότος του αεροσκάφους δεν δήλωσε ότι βρίσκεται σε κίνδυνο, καθώς και ότι δεν ελήφθη εκπομπή σήματος Mayday, δηλαδή σήματος κινδύνου του αεροσκάφους, από την ελληνική πλευρά, που ήταν και η τελευταία που επικοινώνησε με τον πιλότο.