Τον Ιούνιο του 2014 ο υπουργός Οικονομίας, Γιώργος Σταθάκης ήταν μεταξύ των 19 κατηγορουμένων καθηγητών του Πανεπιστημίου Κρήτης που παραπέμφθηκαν στο εδώλιο του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων Χανίων για την γνωστή υπόθεση των καταλογισμών. Ο βουλευτής τότε του ΣΥΡΙΖΑ δεν παρέστη στην δίκη καθώς δεν υπήρξε άρση της ασυλίας του.

Με ομόφωνη απόφαση και σύμφωνη την εισαγγελική πρόταση το δικαστήριο αθώωσε όλους τους πανεπιστημιακούς για την εμπλοκή τους σε μία υπόθεση που χρονολογούνταν από το 2001, θέτοντας σε μεγάλη δοκιμασία ένα από τα κορυφαία Πανεπιστήμια της χώρας αλλά και διακεκριμένους πανεπιστημιακούς καθηγητές. 

Οι 19 καθηγητές βρέθηκαν αντιμέτωποι με την κατηγορία της απιστίας περί της υπηρεσίας καθώς με πόρισμα του οικονομικού επιθεωρητή, τους καταλογίστηκε κακή διαχείριση των κονδυλίων του Πανεπιστημίου και παράτυπης διάθεσης τους σε άλλους σκοπούς από τους προβλεπόμενους. Ο έλεγχος του οικονομικού επιθεωρητή εστίαζε σε τρία ζητήματα: στη φοιτητική κατοικία Ρεθύμνου, στον Ειδικό Λογαριασμό Κονδυλίων Έρευνας και στο μεγάλο αμφιθέατρο Ρεθύμνου.

Όπως είχε υπογραμμιστεί τότε, όλες οι ειλημμένες αποφάσεις, είχαν την έγκριση της Συγκλήτου και σε καμία περίπτωση δεν καταλογίστηκε διάθεση πανεπιστημιακών πόρων για ίδιον όφελος.

Ωστόσο τον περασμένο Απρίλιο έγινε γνωστό, προκαλώντας μεγάλη έκπληξη στην πανεπιστημιακή κοινότητα, ότι επίκεινται και νέες δικαστικές περιπέτειες με αφορμή πάντα το πόρισμα των Οικονομικών Επιθεωρητών, το οποίο εντοπίζει κακοδιαχείριση κονδυλίων του ΕΛΚΕ  (Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας) λόγω κυρίως της παράτυπης διάθεσης τους σε άλλους σκοπούς από τους προβλεπόμενους. 

Η υπόθεση είναι παρόμοια με αυτή των  19 καθηγητών του Πανεπιστημίου Κρήτης. Το πόρισμα του διαχειριστικού ελέγχου στην παρούσα υπόθεση αφορά σε άλλη χρονική περίοδο από εκείνη που εκδικάστηκε τον περασμένο Ιούνιο. Πρόκειται ωστόσο για μία δικογραφία-μαμούθ καθώς η αντιεισαγγελέας Εφετών Χανίων, κ. Μαγδαληνή Γαλατάλη έχει ασκήσει ποινικές διώξεις σε βάρος 228 προσώπων. Πληροφορίες αναφέρουν ότι σε αυτούς συμπεριλαμβάνονται και τα μέλη της Συγκλήτου.