Τα αντικείμενα είναι ενταγμένα σε χωροχρονικές και θεματικές ενότητες που αποτυπώνουν όψεις της καθημερινής και δημόσιας ζωής, από το τσουκάλι και τον αργαλειό της νοικοκυράς μέχρι τα μεγάλα συμπόσια και τις αθλητικές εκδηλώσεις, συστήματα γραφειοκρατίας και διοίκησης με τη χρήση γραφών και σφραγισμάτων, τις θρησκευτικές αντιλήψεις και δοξασίες, τις πομπώδεις τελετουργίες των ανακτόρων, σκεύη πολυτέλειας και επίδειξης πλούτου, αλλά και τις ταφικές πρακτικές και τις αντιλήψεις για τη μεταθανάτια ζωή.Δίδεται έτσι μια πλήρης εικόνα για τον μεγάλο αστικό – ανακτορικό πολιτισμό της Κρήτης που, στη συλλογική μνήμη των μεταγενέστερων Ελλήνων, συμπυκνώθηκε στο πρόσωπο του ημιθεϊκού και διογενή βασιλιά Μίνωα. Σημειώνεται πως το μουσείο λειτουργεί από τις 8 το πρωί έως τις 8 το βράδυ.