Ο Ιωσήφ Φιλάγρης, επειδή είχε να αντιμετωπίσει την απαγόρευση της διδασκαλίας της ελληνικής γλώσσας από τους Βενετούς κατακτητές και την καταπίεση της προπαγάνδας των ρωμαιοκαθολικών της Κρήτης, βρήκε πρόσφορο έδαφος στον απομακρυσμένο χώρο του Κόφινα, όπου έστησε το Μοναστήρι του, και με τους φοιτητές του, στους οποίους δίδασκε ελληνική φιλολογία, Πατέρες της Εκκλησίας, Μαθηματικά και Ιατρική, ανέπτυξε σε τρία σημεία τη δράση του:

α. Διδασκαλία της ελληνικής γλώσσας σε υψηλό επίπεδο.

β. Αντιρρητική Θεολογία, όπου μαζί με τους σύγχρονούς του σπουδαίους θεολόγους Ιωσήφ Βρυέννιο και Νείλο Δαμιλά ανασκεύαζαν τις κακοδοξίες των καθολικών.

γ. Αντέγραφε κώδικες με πατερικά κείμενα, αλλά και με έργα του Αριστοτέλη, το έργο του οποίου βρισκόταν σε διωγμό από την καθολική Εκκλησία. Σώζονται έργα του Αριστοτέλη που γράφτηκαν «διά χειρός Ἰωσήφ Φιλάγρη, μοναχοῦ τοῦ Κρητός καί τῶν αὐτοῦ φοιτητῶν ἐν τῇ μονῇ τῶν Τριῶν Ἱεραρχῶν, κάτωθι Κωφηνίου Ὄρους εἰς θέσιν Λουσούδι», στο Λονδίνο, στο Παρίσι, στη Ρώμη, στο Βουκουρέστι, στο Άγιον Όρος κλπ.

Η ανασκαφή, κάτω από δυσμενείς καιρικές συνθήκες, ευτύχησε να αποκαλύψει ως σήμερα σειρά κελιών, το μαγκιπείον (κουζίνα), την τράπεζα, αποθηκευτικούς χώρους, το αρχονταρίκι και το σημαντικότερο όλων: το scriptorium, δηλαδή το βιβλιογραφικό εργαστήριο, όπου ο Φιλάγρης και οι φοιτητές του αντέγραφαν τα χειρόγραφα, έργα των Πατέρων και ιδιαίτερα έργα του Αριστοτέλη, τον οποίο μάλιστα ο ίδιος ο Φιλάγρης σχολίαζε.