Το Συμβούλιο της Επικρατείας από την πρώτη του απόφαση δέχθηκε ότι οι πράξεις που έγιναν για την διάνοιξη του παραλιακού ήταν παράνομες! Συγκεκριμένα αναφέρεται:

“Οι προσβαλλόμενες πράξεις είναι μη νόμιμες, ως αντίθετες προς τον ισχύοντα, κατά τον χρόνο εκδόσεώς τους, πολεοδομικό σχεδιασμό της περιοχής, καθόσον το έργο, στην κατασκευή του οποίου αποβλέπουν οι πράξεις αυτές, περιλαμβάνει, μεταξύ άλλων, την κατασκευή συλλεκτήριας οδού υπερτοπικής σημασίας, που θα συνδέει τον λιμένα του Ηρακλείου με το αεροδρόμιο, δηλαδή κύριας συλλεκτήριας οδού και, εν πάση περιπτώσει, όχι οδού ήπιας κυκλοφορίας. Ειδικότερα, με την ανωτέρω απόφαση κρίθηκε ότι το επίμαχο έργο δεν είναι σύμφωνα ούτε με τις γενικές πολεοδομικές κατευθύνσεις του ΓΠΣ του 2003, οι οποίες ίσχυαν κατά τον χρόνο εκδόσεως της δεύτερης και τέταρτης από τις προσβληθείσες ενώπιόν του πράξεις και δεν προέβλεπαν την κατασκευή κύριας συλλεκτήριας οδού στη θέση, από την οποία διέρχεται η περιλαμβανόμενη στο έργο παραλιακή οδός, ούτε προς τις ειδικότερες ρυθμίσεις της πολεοδομικής μελέτης του 2007, η οποία ίσχυε κατά τον χρόνο εκδόσεως της πρώτης προσβληθείσης πράξεως και προβλέπει ότι η παραλιακή οδός ως προς ένα τμήμα της (το επίμαχο, το οποίο προβλέπεται με τις προσβληθείσες πράξεις να έχει πλάτος 14 μέτρων προς εξυπηρέτηση της κυκλοφορίας των οχημάτων) έχει το χαρακτήρα πεζοδρόμου, ενώ στο υπόλοιπο τμήμα της έχει τον χαρακτήρα δευτερεύουσας (τοπικής) συλλεκτήριας οδού.

Περαιτέρω, το Δικαστήριο δέχθηκε ότι, εφόσον η εγκριθείσα με το π.δ. του έτους 2007 και σύμφωνη με τις κατευθύνσεις του ΓΠΣ του έτους 2003 πολεοδομική μελέτη δεν έχει τροποποιηθεί, δεν ασκεί επιρροή στο κύρος των προσβαλλομένων πράξεων το μεταγενέστερο της εκδόσεώς τους ΓΠΣ του έτους 2009, ασχέτως του ότι το εν λόγω ΓΠΣ προβλέπει στη συγκεκριμένη θέση οδό ήπιας κυκλοφορίας, χαρακτήρα που, όπως προκύπτει από τα στοιχεία του φακέλου, δεν έχει η οδός, όπως σχεδιάσθηκε με την μελέτη, η οποία εγκρίθηκε με την υπό στοιχ. δ προσβληθείσα πράξη και σε υλοποίηση της οποίας απέβλεψαν οι υπό στοιχ. α και β προσβληθείσες πράξεις.

Στις ανωτέρω κρίσεις του κατέληξε το Δικαστήριο, με την προαναφερθείσα 2717/2011 απόφασή του, αφού έλαβε υπόψη, μεταξύ άλλων, α) το υπʼ αριθμ. Α.Π. 2692/22.1.2010 έγγραφο του Προϊσταμένου της Διευθύνσεως Πολεοδομικού Σχεδιασμού του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, στο οποίο, εκτός των άλλων, αναφέρεται ότι “Η παραλιακή οδός, όπως σήμερα κατασκευάζεται... δεν συμφωνεί με το ισχύον ρυμοτομικό σχέδιο, ούτε ως προς την ακριβή της θέση, ούτε ως προς το προβλεπόμενο πλάτος της, ούτε ως προς την κυκλοφοριακή της λειτουργία”, β) το υπʼ αριθμ. οικ. 983/22.3.2010 έγγραφο της Ειδικής Υπηρεσίας Επιθεωρητών Περιβάλλοντος, κατά το οποίο το επίμαχο έργο δεν είναι σύμφωνο με το ΓΠΣ του έτους 2003 και το σχέδιο πόλεως του έτους 2007, αλλά ούτε και με το ΓΠΣ του έτους 2009, γ) το υπʼ αριθμ. οικ. 1868/27.5.2010 έγγραφο της αυτής υπηρεσίας κατά το οποίο “... η παραλιακή οδός, η οποία έχει κατασκευασθεί, καθʼ όλο το μήκος της έχει πλάτος 14 μέτρων (οδόστρωμα πλάτους 10 μέτρων, με πεζοδρόμια πλάτους 2 μέτρων εκατέρωθεν... λειτουργεί δε σαν συλλεκτήριος υπερτοπικής σημασίας και όχι σαν πεζόδρομος ή ήπιας κυκλοφορίας δρόμος” και δ) το γεγονός ότι και ο ίδιος ο Δήμος Αλικαρνασσού αποδέχθηκε, με το έγγραφο των απόψεών του προς το Δικαστήριο, ότι η οδός, στην κατασκευή της οποίας αποβλέπουν οι ανωτέρω πράξεις, δεν είναι σύμφωνη με το ισχύον σχέδιο πόλεως, ισχυριζόμενος απλώς ότι ήταν πάντοτε σκοπός του Δήμου η δημιουργία μιας τέτοιας οδού στη συγκεκριμένη θέση και ότι, εκ παραδρομής, χαρακτηρίσθηκε στο σχέδιο πόλεως τμήμα της παραλιακής οδού ως πεζόδρομος.

Κατόπιν τούτων, με την 2717/2011 απόφαση του Δικαστηρίου ακυρώθηκαν οι ανωτέρω αποφάσεις 2394/30.10.2007 του Διευθυντή της Διευθύνσεως Δημοσίων Έργων της Περιφέρειας Κρήτης, 2313/22.5.2007 του Γενικού Γραμματέα Περιφέρειας Κρήτης και 311/5.4.2006 του Δημοτικού Συμβουλίου του Δήμου Νέας Αλικαρνασσού, η δε υπόθεση αναπέφμθηκε στη Διοίκηση, “προκειμένου να εφαρμόσει, για το επίδικο έργο της αναπλάσεως του παραλιακού μετώπου του Δήμου Νέας Αλικαρνασσού, το ισχύον στην επίμαχη περιοχή σχέδιο πόλεως”.