Όσο αφορά στην Κρήτη, στο ΤΕΙ ενδέχεται να συγχωνευτούν τα τμήματα Θερμοκηπιακών Καλλιεργειών και Φυτικής Παραγωγής, να περιοριστούν τα τμήματα της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας, με «θύματα» να είναι τα εκτός Ηρακλείου. Όπως έχει γράψει η «Π», είναι ανοιχτό το ενδεχόμενο να καταργηθούν όλα τα παραρτήματα του Ιδρύματος ενώ κινδυνεύει και το Τουριστικών Επαγγελμάτων στο Ηράκλειο. Στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, πιθανή είναι η συγχώνευση των τμημάτων Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών και Χημείας. Στο Πολυτεχνείο Κρήτης, σε κίνδυνο βρίσκονται τμήματα, όπως οι Μηχανικοί Περιβάλλοντος.