Ενώ αλλάζει άρδην το τοπίο στον πολυκέφαλο ελληνικό λιμενικό τομέα με τη δημιουργία τεσσάρων λιμενικών συστημάτων, στα οποία εντάσσονται τα 12 μεγαλύτερα λιμάνια της χώρας ο Οργανισμός Λιμένος Ηρακλείου παραμένει αυτόνομος. Με την αλλαγή αυτή τα λιμάνια αποκτούν ένα ευέλικτο διοικητικό σχήμα και σαφώς ευνοϊκότερες προϋποθέσεις για τη χρηματοδότηση των μεγάλων επενδύσεων που απαιτούνται για τη μεγέθυνση και τον εκσυγχρονισμό τους. Με τις προοπτικές αυτές γίνονται και πιο ελκυστικά έναντι των ξένων - αλλά ενδεχομένως και εγχώριων επενδυτών - που θα ενδιαφερθούν να συμμετάσχουν στους διαγωνισμούς, τους οποίους θα προκηρύξει την άνοιξη το ΤΑΙΠΕΔ προκειμένου να εκχωρήσει εμπορικές δραστηριότητες των λιμανιών σε ιδιώτες.

Στο σχέδιο νόμου θα προβλέπεται η δημιουργία τεσσάρων μεγάλων λιμενικών «τόξων» που κάθε ένα από αυτά θα ελέγχεται από έναν φορέα, o οποίος θα λειτουργεί στη λογική εταιρείας holding.

Το πρώτο τόξο θα αφορά τα λιμάνια της Αττικής (Ελευσίνα, Ραφήνα και Λαύριο), τα οποία μπαίνουν κάτω από την ομπρέλα του ΟΛΠ. Κάτω από την ομπρέλα του ΟΛΘ θα μπουν τα λιμάνια της Καβάλας, της Αλεξανδρούπολης και του Βόλου. Στον Οργανισμό Λιμένος Πατρών θα ενταχθούν τα λιμάνια της Ηγουμενίτσας και της Κέρκυρας.