Το 2009, το Μουσείο καταφέρνει να πραγματώσει τη ριζική ανακαίνισή του, με χρηματοδότηση του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Πολιτισμός» αυτή τη φορά. Αναμορφωμένες αίθουσες, καινούργια εκθέματα, σύγχρονος τρόπος παρουσίασης, είναι τα στοιχεία που συνθέτουν την καινούργια εικόνα του Μουσείου, κι ακόμη εκπαιδευτικά προγράμματα, ηλεκτρονικές παραγωγές, εκδόσεις και άλλες δράσεις, που επιτρέπουν στο Μουσείο να προσφέρει υψηλού επιπέδου υπηρεσίες, αλλά και να ικανοποιεί τους στόχους ύπαρξής του.