Ανάλογα με το επίπεδο κατάρτισης των μαθητών τα Εκπαιδευτικά Προγράμματα οργανώνονται σε πέντε επίπεδα:

Α. Για παιδιά προσχολικής ηλικίας.

Β. Για μαθητές Αʼ, Βʼ, Γʼ τάξης Δημοτικού.

Γ. Για μαθητές Δʼ, Εʼ, Στʼ τάξης Δημοτικού.

Δ. Για μαθητές Γυμνασίου.

Ε. Για μαθητές Λυκείου, εφήβους & νέους.

Τα κύρια θέματα των εκπαιδευτικών προγραμμάτων είναι:

1. Μουσεία & Πολιτισμός. Το «Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης - Ελαιουργείον».

2. Ο Κόσμος των Εικαστικών Τεχνών.

3. Εικόνα - Φωτογραφία - Τέχνη.

4. «Ελαίας Γη» - Ο Πολιτισμός της Ελιάς.

5. Το Περιβάλλον εκπέμπει S.O.S.

6. «Τέχνη & Τεχνολογία – Άνθρωπος & Μηχανή».

7. Δημόσιος Χώρος. Χρήση & Επανάκτηση.

8. Κρητικός Οινικός Πολιτισμός: Μύθοι, Ιστορία & Προϊόντα της Αμπέλου.

9. «Τα εξαιρετικά Προϊόντα του Τόπου μας»

10.«Ο Δρόμος των Μουσείων»: 6 Στάσεις Πολιτισμού από το Κρητικό στο Λιβυκό Πέλαγος.

11. «Ο Κύκλος των Φαραγγιών»: Πολιτισμός, Συνεργασία & Ανάπτυξη στην Ενδοχώρα.

Κατόπιν έγκαιρης προσυνεννόησης μπορούν να οργανωθούν «Ειδικά Εκπαιδευτικά Προγράμματα» ως προς το θέμα τους και τη δράση των μαθητών με συμμετοχή καλλιτεχνών και ειδικών εισηγητών. «Ειδικά Εκπαιδευτικά Προγράμματα» για παιδιά με ειδικές ανάγκες είναι διαθέσιμα. Ο εκθεσιακός χώρος στο «Ελαιουργείον – Εργοστάσιο Τέχνης» διαθέτει ειδική είσοδο για παιδιά και ενήλικες με κινητικά προβλήματα.