Ο ENISA αποτελεί μήλον της έριδος για πολλά κράτη της Ευρωπαϊκής Ένωσης και όσοι τον διεκδικούν προβάλλουν ως αδυναμία του τη δυσλειτουργία και τις ελλείψεις του Σχολείου Ευρωπαϊκής Παιδείας και τις καθυστερήσεις που σημειώνονται στην ανέγερση του νέου Σχολείου. Είναι αλήθεια ότι ο Οργανισμός Σχολικών Κτιρίων, η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Ηρακλείου και η Περιφερειακή Διεύθυνση Εκπαίδευσης έχουν δρομολογήσει το θέμα, όμως, υπάρχουν καθυστερήσεις.

Εν τω μεταξύ, ο σύλλογος φίλων του ENISA ζητά τη συνεργασία των τοπικών άρχων αλλά και της κεντρικής εξουσίας για να διευθετηθούν όλα τα ανοιχτά θέματα του Οργανισμού.