Από το 1975 τη χρονιά που η υγεία του περνάει μια κρίση, αναγκάζεται να διακόψει την επαγγελματική του δραστηριότητα και παίζει μόνο σε επιλεγμένα γλέντια και εκδηλώσεις.

Συμπαραστέκεται στο Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών και γίνεται πολύτιμος συνεργάτης στα ερευνητικά προγράμματα εθνομουσικολογίας του Ινστιτούτου. Η πρώτη σχολή λύρας ιδρύεται στο Ηράκλειο στο «Ωδείο Απόλλων», το 1979, μετά στο Ρέθυμνο (1980), τα Χανιά (1981), στον Άγιο Νικόλαο Λασιθίου (1983) και τέλος ιδρύει το «Ελληνικό Ωδείο» στην Αθήνα το 1985. Ο Κώστας Μουντάκης παλιότερα είχε αρχίσει μαθήματα και στην «Παγκρήτιο Ένωση».

Ο Κώστας Μουντάκης πέθανε στις 31 Ιανουαρίου 1991 βυθίζοντας στο πένθος ολόκληρη την Κρήτη.