Το Φεστιβάλ Ντοκιμαντέρ Θεσσαλονίκης δεν είναι διαγωνιστικό. Ωστόσο, δεν αντιμετωπίζει αρνητικά την αθλοθέτηση βραβείων που προσφέρονται από ανεξάρτητους φορείς στο πλαίσιο του φεστιβάλ.

Τα βραβεία που απονέμονται στο Φεστιβάλ Ντοκιμαντέρ Θεσσαλονίκης είναι τα εξής:

i. Δύο Βραβεία Κοινού που αφορούν σε ταινίες άνω των 45' (μία ελληνική και μία ξένη). Συνοδεύονται από το χρηματικό έπαθλο των 4.000 για την καθεμία

ii. Δύο Βραβεία Κοινού που αφορούν σε ταινίες κάτω των 45' (μία ελληνική και μία ξένη). Συνοδεύονται από το χρηματικό έπαθλο των 2.000 ευρώ για την καθεμία.

Για τα Bραβεία Κοινού ελληνικής ταινίας έχουν το δικαίωμα να διαγωνιστούν όλες οι ελληνικές ταινίες που πραγματοποιούν πρώτη δημόσια προβολή, είτε παρουσιάζονται στο Διεθνές Πρόγραμμα, είτε στο Πανόραμα, είτε στην Ελληνική Τηλεόραση.

Για τα αντίστοιχα Bραβεία Κοινού ξένης ταινίας διαγωνίζονται όλες οι ταινίες, εκτός από αυτές που παρουσιάζονται στα πλαίσια των αφιερωμάτων.

Επιπλέον, απονέμονται τα Βραβεία FIPRESCI στο Καλύτερο Ελληνικό και στο Καλύτερο Ξένο Ντοκιμαντέρ από την Διεθνή Ένωση Κριτικών Κινηματογράφου.

Βραβείο Διεθνούς Αμνηστίας σε ταινία του τμήματος «Ανθρώπινα δικαιώματα»

Βραβείο WWF Hellas σε ταινία του τμήματος «Κοινωνία και Περιβάλλον».