Στην απολογία του ο κ. Κεφαλογιάννης, όπως αναφέρεται στα πρακτικά της δίκης, υποστήριξε μεταξύ άλλων: «Δεν περίμενα ποτέ μου ότι μετά από πενήντα χρόνια τέτοιας πορείας, θα ερχόμουν κατηγορούμενος. Πρώτη φορά στη ζωή μου πήγα την περίοδο της Διδακτορίας ενώπιον του Στρατοδικείου, διότι και τότε έκανα το καθήκον μου. Δεν περίμενα να συνωμοτήσουν ελάχιστοι και να με συκοφαντήσουν.

Διάβασα στις εφημερίδες ότι ένα πολιτικό πρόσωπο είχε επέμβει σε υπόθεση ναρκωτικών. Δε με αφορούσε το θέμα και δεν απάντησα. Λυπούμαι ειλικρινά που οι κύριοι αυτοί με συκοφάντησαν. Έπρεπε να σεβαστούν έναν άνθρωπο που υπήρξε ο Υπουργός τους. Τους έλυσα τα θέματα που τους απασχολούσαν πενήντα χρόνια. Πιστεύω στην ανεξαρτησία της ΕΛ.ΑΣ αλλά πικραίνομαι που κάποιος εξυπηρετεί σκοτεινά συμφέροντα και αμαυρώνει την υπόληψη μου. Ήταν προεκλογική περίοδος και έπρεπε να βρουν κάτι κακό για τον Κεφαλογιάννη».