Όπως είναι γνωστό, η πρώτη φάση των εργασιών που περιλαμβάνει την στερέωση και αντικατάσταση της στέγης, προϋπολογισμού 1 760 000 ευρώ, είχε ενταχθεί ως Αθλητιατρικό Κέντρο στο Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων. Το Μάρτιο του 2003 υπογράφηκε μεταξύ Δήμου Ηρακλείου, του ΠΕΣΥ Κρήτης, του Βενιζελείου Νοσοκομείου και του ΟΑΝΑΚ προγραμματική σύμβαση με αντικείμενο την εκπόνηση των απαραίτητων μελετών και τη δημοπράτηση και επίβλεψη των εργασιών αποκατάστασης του κτιρίου. Εν τω μεταξύ, η ειδική επιστημονική επιτροπή του Βενιζελείου νοσοκομείου πρότεινε αλλαγή της χρήσης του κτιρίου από Αθλητιατρικό Κέντρο σε Κέντρο ΜΗΤΕΡΑΣ - ΠΑΙΔΙΟΥ, πρόταση που έγινε γενικώς αποδεκτή. Οι εργασίες της πρώτης φάσης δημοπρατήθηκαν το Σεπτέμβριο του 2004 και ο εργολάβος εγκαταστάθηκε το Δεκέμβριο του ίδιου έτους. Το ύψος της σύμβασης είναι 1 369 000 ευρώ, και έχουν εγκριθεί μέχρι σήμερα λογαριασμοί ύψους μόλις 463 500 ευρώ. Λόγω ανεπαρκούς ροής της υπάρχουσας χρηματοδότησης οι εργασίες έχουν διακοπεί 4 φορές.