Ωστόσο, τα «βάσανα» του μουσείου δεν τελείωσαν χθες αφού υπάρχει ένα δεύτερο πρόβλημα που σχετίζεται με τη διαμόρφωση του περιβάλλοντος χώρου και τη σχετική εμπλοκή του ΚΑΣ. Συγκεκριμένα, το έργο ύψους 600.000 ευρώ χρηματοδοτείται από τα ΠΕΠ Κρήτης και υλοποιείται από το δήμο. Περιλαμβάνει τη διαμόρφωση χώρων περιπάτου περιμετρικά του μουσείου με σκάλες, γέφυρες και καθιστικά καθώς και τη διαμόρφωση θεματικής παιδικής χαράς στον προφυλαγμένο χώρο ανατολικά του μουσείου. Ορίζοντας ολοκλήρωσης για το έργο είναι το τέλος του έτους. Η εμπλοκή ξεκίνησε από την Εφορεία, σε πρώτη φάση ζητήθηκε η αποκάλυψη του τμήματος του τείχους που βρέθηκε ανατολικά του μουσείου και, στη συνέχεια, η τροποποίηση της θεματικής παιδικής χαράς ώστε να είναι συμβατά με το τείχους. Σύμφωνα με το δήμο και το πανεπιστήμιο, τα σχέδια τροποποιήθηκαν τουλάχιστον τρεις φορές σύμφωνα με τις υποδείξεις των αρχαιολόγων. Μετά από οχτώ μήνες, όμως, αποφασίστηκε από την εφορεία το θέμα να σταλεί στο τοπικό αρχαιολογικό συμβούλιο που πρότεινε τη συνέχιση του έργου εκτός από την περιοχή του τείχους όπου σε συνεργασία με τους αρχαιολόγους της εφορείας θα έπρεπε να αναδειχθεί. Καθώς συνεχίζονταν οι εργασίες με επίβλεψη των αρχαιολόγων στο ανατολικό τμήμα, ο διευθυντής της εφορείας βυζαντινών αρχαιοτήτων δυτικής Κρήτης που αναπλήρωνε τον διευθυντή της εφορείας στο Ηράκλειο προχώρησε σε διακοπή του συνόλου των εργασιών και αποστολή όλου του φακέλου στο ΚΑΣ βυζαντινών αρχαιοτήτων και στο ΚΑΣ νεωτέρων μνημείων. Σε παρατήρηση ότι η αναστολή των εργασιών και η εμπλοκή των δύο ΚΑΣ θα ήταν ιδιαίτερα χρονοβόρα αναφέρθηκε ότι σε περίπτωση κινδύνου απώλειας κοινοτικών χρημάτων οι συζητήσεις γίνονται εντός 15 ημερών. Ωστόσο, ήδη έχουν περάσει επτά μήνες και δεν έχουν γίνει ακόμα εισηγήσεις. «Υπάρχει, λοιπόν, πολύ σημαντική καθυστέρηση, παρόλο που είναι γνωστό ότι τα χρήματα του ΠΕΠ πρέπει να απορροφηθούν φέτος και με τη συγκεκριμένη εμπλοκή και οι ίδιοι οι αρχαιολόγοι λένε ότι δεν υπάρχει περίπτωση φέτος να ξεπεραστούν τα προβλήματα και να τονίσω ότι όταν στάλθηκε ο φάκελος υπήρχε πλήρης συμφωνία ανάμεσα στο τι θέλουμε να φτιάξουμε και τις απόψεις των αρχαιολόγων», σημείωσε ο κ. Μυλωνάς.