Το Ηράκλειο μαζί με την Θεσσαλονίκη, την Αθήνα, τη Λάρισα, το Βόλο και την Πάτρα κατατάσσονται στις ευρωπαϊκές πόλεις με τους περισσότερους ρύπους, σύμφωνα με σχετική έρευνα που διεξήχθη πρόσφατα. Στις έξι αυτές ελληνικές πόλεις τα μικροσωματίδια και το διοξείδιο του αζώτου είναι πολύ πάνω από τα όρια και συνδέονται με την αύξηση της θνησιμότητας των κατοίκων.
Από τα αποτελέσματα της τελευταίας Έκθεσης της Ευρωπαϊκής Ένωσης για “την κατάσταση των ευρωπαϊκών πόλεων” (Μάιος 2007) προκύπτει ότι η Θεσσαλονίκη καταλαμβάνει την πρώτη θέση όσον αφορά τις υπερβάσεις των ορίων στα αιωρούμενα μικροσωματίδια και ακολουθεί η Αθήνα στην 3η θέση, η Λάρισα στην 5η, η Πάτρα στην 7η, ο Βόλος στην 13η και το Ηράκλειο στην 20η.
Όσο για τις υπερβάσεις των ορίων συγκέντρωσης διοξειδίου του αζώτου, η Αθήνα βρίσκεται στη δεύτερη και η Θεσσαλονίκη στη 10η θέση των πιο επιβαρυμένων πόλεων της Ευρώπης, ενώ για τις υπερβάσεις όζοντος το Ηράκλειο καταλαμβάνει τη 10η θέση και η Αθήνα τη 15η.
