Μπέρδεμα προέκυψε στην διεξαγωγή του διοικητικού συμβουλίου της ΕΠΑΕ όσον αφορά το ποιες θα είναι οι ομάδες που θα υποβιβαστούν στην Β’ Εθνική καθώς και το ποιες θα είναι αυτές που θα ανέβουν.

Συγκεκριμένα η διοργανώτρια Αρχή, αν και επικύρωσε την τελική βαθμολογική κατάταξη άφησε την ΕΠΟ να αποφασίσει το ποιες θα είναι οι ομάδες που θα απαρτίζουν του χρόνου την μεγάλη κατηγορία.

Αυτό έγινε γιατί στην γενική συνέλευση της ΕΠΑΕ, τον Αύγουστο του 2005 είχε αποφασιστεί να πέσουν δύο ομάδες αλλά να ανέβουν τέσσερις ώστε να υπάρξει αύξηση του αριθμού. Στα μέσα της χρονιάς η ΕΠΟ αποφάσισε να πέσουν τρεις ομάδες και να ανέβουν άλλες τόσες, κάτι που τελικά και ίσχυσε.

Έτσι Λεβαδειακός, Θρασύβουλος και Ολυμπιακός B. έχουν στείλει ήδη έγγραφο προς την λίγκα στο οποίο ζητάνε να ισχύσει η πρώτη απόφαση. Πάντως, η Σούπερ Λίγκα που όλα δείχνουν πως αναλαμβάνει του χρόνου την διεξαγωγή του πρωταθλήματος είναι υπέρ των 16 ομάδων στην Α΄ Εθνική κάτι που σημαίνει πως πολύ δύσκολα θα ισχύσει η απόφαση του περσινού Αυγούστου.

Ακόμα δεν επικυρώθηκε ο βαθμολογικός πίνακας της Β΄ Εθνικής, αφού εκκρεμεί η ένσταση που έχει υποβληθεί από την διοίκηση του Ολυμπιακού Βόλου για αντικανονική συμμετοχή παίκτη της Παναχαϊκής, στο μεταξύ τους ματς καθώς και οι βαθμολογίες του 1ου και του 2ου ομίλου της Γ΄ Εθνικής, γιατί εκκρεμεί το μπαράζ Πανθρακικού-Μεσσηνιακού.