Τα μνημεία πολιτισμικής κληρονομιάς της Κρήτης προστατεύουν ερευνητές του ΙΤΕ μέσα από τα προγράμματα «Ηρακλής» (HERACLES) και «Θύελλα» (STORM). Τρία ινστιτούτα του Ιδρύματος έχουν πρωταγωνιστικό ρόλο στις μοναδικές δύο προτάσεις που εγκρίθηκαν από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για την αντιμετώπιση των κινδύνων που απειλούν τα μνημεία λόγω της κλιματικής αλλαγής και των φυσικών καταστροφών.