Στο στόχαστρο των oικονομικών εισαγγελέων τέθηκαν καταγγελίες σε βάρος της ΕΠΟ, ότι επί διοικήσεων Γκαγκάτση και Πιλάβιου υπέστη ζημιά περίπου 10 εκατομμυρίων ευρώ η ομοσπονδία, για πληρωμές ιατρικών εξετάσεων αθλητών που φέρονται να ήταν εικονικές.

Βάσει των καταγγελιών, η ΕΠΟ υπέγραψε τον Σεπτέμβριο του 2005 σύμβαση με την εταιρία OPEDEK ΑΕ για τη δημιουργία κεντρικού συστήματος παρακολούθησης αθλητών σε θεραπευτήρια υγείας και 53 σταθμούς υγείας σε ολόκληρη την χώρα καθώς και για 250 χιλιάδες μετρήσεις (εξετάσεις). Για τον σκοπό αυτό μάλιστα, η Ομοσπονδία είχε λάβει από την ΟΥΕΦΑ επιχορήγηση ενός εκατομμυρίου ευρώ.

Αργότερα, όταν η επίμαχη εταιρεία απορροφήθηκε, η σύμβαση παρέμεινε σε ισχύ με την εταιρεία PC SYSTEMS και υπογράφηκε τον Φεβρουάριο του 2010 νέα σύμβαση για μεταφορά και διενέργεια ειδικών εξετάσεων βιολογικών δειγμάτων αθλητών.

Σύμφωνα με τις υπό διερεύνηση καταγγελίες, οι εν λόγω συμβάσεις ουσιαστικά ποτέ δεν υλοποιήθηκαν στο ακέραιο, καθώς, την επίμαχη περίοδο, η ΕΠΟ φαίνεται να καταβάλει ποσό 9,7 εκατομμυρίων ευρώ που αντιστοιχεί σε 1,5 εκατομμύριο μετρήσεις αθλητών ενώ στην πραγματικότητα οι μετρήσεις δεν φαίνεται να ξεπερνούν τις 15.530.