Στο ΣτΕ είχε προσφύγει ο υποψήφιος πρύτανης, Γιάννης Φίλης, καθώς κατά την διαδικασία άγνωστοι είχαν πάρει και είχαν καταστρέψει τις κάλπες που ψήφιζαν οι φοιτητές. Όπως δήλωσε χθες ο πρύτανης του ιδρύματος, Ιωακείμ Γρυσπολάκης "το τρίτο τμήμα του Συμβουλίου Επικρατείας, αποφάσισε ότι πρέπει να επαναληφθούν οι εκλογές στο τμήμα που αφορά στους φοιτητές. Κι έτσι 16 του μήνα στήνονται οι κάλπες για τους φοιτητές. Και βέβαια το αποτέλεσμα θα συνυπολογιστεί με το αποτέλεσμα που υπήρχε στις 27 Αυγούστου του 2008, από τις κάλπες των μελών ΔΕΠ και του λοιπού προσωπικού".
Με την υπ' αριθμόν 2746 απόφαση του τον περασμένο Σεπτέμβριο το Γ' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας ανέτρεψε το εκλογικό αποτέλεσμα της 27ης Αυγούστου του 2008, κρίνοντας ότι η διαδικασία διεξήχθη κατά παράβαση του νόμου αφού δε συμμετείχαν όλες οι κατηγορίες των εκλεκτόρων. Όπως είπε ο κ. Γρυσπολάκης, "η απόφαση του ΣτΕ λέει το ακόλουθο: ότι θα έπρεπε η πρυτανεία να έχει διασφαλίσει με κάθε έννομο τρόπο την δυνατότητα να ψηφίσουν οι φοιτητές. Βεβαίως θυμάστε ότι μια ομάδα ανθρώπων έβαλαν κουκούλες, άρπαξαν και κατέστρεψαν τις κάλπες".
Στις 23 Σεπτεμβρίου 2010 μετά την έκδοση της απόφασης του Συμβουλίου της Επικρατείας, συνήλθε εκτάκτως το Πρυτανικό Συμβούλιο το οποίο αποφάσισε να οδηγήσει το ίδρυμα σε επαναληπτικές εκλογές προκειμένου να εκλέξει πρυτανική αρχή για το υπόλοιπο της θητείας που λήγει τον Αύγουστο του 2012.
