Γιατί από τη μια, δεν υπήρχε σε κανένα σημείο η κατάλληλη υποδομή για υψηλούς στόχους και από την άλλη, η διαφορά ανάμεσα στο κρητικό και το πανελλήνιο επίπεδο του αθλήματος ήταν ήδη μεγάλη. Κάτω από αυτές τις συνθήκες ξεκίνησε την προσπάθειά της η Ηρακλειώτικη ομάδα και λίγα χρόνια αργότερα τον Μάιο του ʽ95 ολόκληρη η φίλαθλη Κρήτη πανηγύριζε την άνοδό της στην Α1 Εθνική κατηγορία, στο καλύτερο πρωτάθλημα της Ευρώπης. Στο διάστημα που μεσολάβησε και ενώ η ελληνική καλαθοσφαίριση - τόσο σε εθνικό, όσο και σε συλλογικό επίπεδο - περνούσε από επιτυχία σε επιτυχία, οι αγωνιστικοί χώροι γέμιζαν από αθλητές, τα γήπεδα από φιλάθλους, και το μπάσκετ έμπαινε μέσα από την τηλεόραση σε κάθε ελληνικό σπίτι, το “Ηράκλειο” ανέβηκε τέσσερις (!!) κατηγορίες. Ξεκινώντας από το τοπικό, έμεινε ένα χρόνο στην Γʼ κατηγορία, δύο στην Βʼ και τρία στην Α2, σαν μια περίεργη χρονικά αριθμητική περίοδο. Για να φθάσει λοιπόν, μια ομάδα από την… άγονη γραμμή στην Α1 χρειάστηκε πολλή δουλειά, μεράκι, συνέπεια και φυσικά οικονομική βοήθεια που την είχε προσφέρει, κυρίως, ο Μανώλης Παπακαλιάτης με τους συνεργάτες του. Τι κι αν υποβιβάστηκε στην Α2 το 1996. Αμέσως επέστρεψε και έμεινε επτά χρόνια όπου είχε έξοδο στην Ευρώπη (1998-99) και συμμετοχή σε τελική φάση Κυπέλλου Ελλάδας (2002-03).
Το χαμηλό μπάτζετ, οι πάμπολες αλλαγές στο ρόστερ, η έλλειψη βασικού κορμού και η μικρή προσφορά των ξένων έριξαν την ομάδα στην Α2 (2004-05) όπου πήρε την 5η θέση ως ΟΦΗ/ Ηράκλειο αλλά η συγχώνευση αυτή δεν προχώρησε για διάφορους λόγους.
Ο κ. Παπακαλιάτης αποχωρεί, η συγχώνευση διαλύεται, τα χρέη πολλά και το ερασιτεχνικό “Ηράκλειο” που δεν μπορούσε να αντεπεξέλθει, υπό την προεδρία του Μανώλη Λουκαδάκη αποφασίζεται να γυρίσει η ομάδα στον Ερασιτεχνισμό. Αμεσα υποβιβάζεται στην Βʼ Εθνική αλλά ούτε εκεί μπορεί να σταθεί για καθαρά αγωνιστικούς λόγους αυτήν τη φορά. Ηρθε 13ο και υποβιβάζεται στην Γʼ Εθνική όπου παίζει φέτος και δυο αγωνιστικές πριν τη λήξη οδηγήθηκε στο τοπικό (πέφτουν 5 ομάδες) μετά από 19 χρόνια στις εθνικές κατηγορίες.
