Η κούπα μπορεί να μην ήρθε στο Ηράκλειο (έκανε “στάση” στην Αθήνα) αλλά αυτή η... λεπτομέρεια δεν μειώνει σε τίποτα τα “κατορθώματα” των “μικρών” τα τελευταία χρόνια.

Οι Μικτές ομάδες της ΕΠΣΗ είναι το ποδοσφαιρικό καμάρι του Ηρακλείου καθώς μπορεί κάθε χρόνο σχεδόν να αλλάζουν οι παίκτες, αλλά η δυναμική παραμένει η ίδια. Άλλωστε μόνο τυχαίο δεν είναι το γεγονός ότι στα τελευταία οκτώ χρόνια το Ηράκλειο έχει τέσσερις παρουσίες σε τελικό (!), μια κατάκτηση της κούπας και μία τρίτη θέση. Επιτυχίες που σε τέτοιο επίπεδο δεν τις έχει καμία άλλη Ένωση στη χώρα.

Οι πρώτες μεγάλες διακρίσεις ήρθαν την περίοδο 1998-1999, όταν η μικτή Νέων της Ε.Π.Σ.Η. έφτασε στον τελικό με αντίπαλο την Μακεδονία, αλλά ηττήθηκε στα πέναλτι. Την ίδια χρονιά η μικτή παίδων συμμετείχε στο Πανελλήνιο Τουρνουά Fair-Play που έγινε στις εγκαταστάσεις του κολεγίου ΓΕΙΤΟΝΑ. Κατέκτησε την πρώτη θέση και πήρε έπαινο για την διαμονή της και την συνολική παρουσία της. Την περίοδο 2000-2001, η μικτή Νέων έφτασε στην κορυφή της Ελλάδας! και με προπονητή τον Μανόλη Ντάγκινη νίκησε στον τελικό που έγινε στην Καισαριανή με 3-1 τη Λάρισα. Η περιόδος 2002-2003 συνοδεύτηκε από άλλες δύο σπουδαίες διακρίσεις. Η Μικτή Παίδων για πρώτη φορά στην ιστορία της έπαιξε τελικό. Στο γήπεδο στη λεωφόρο Αλεξάνδρας όμως ηττήθηκε με 1-0 από την αντίστοιχη ομάδα των Αθηνών. Παράλληλα η μικτή νέων τερμάτισε στην τρίτη θέση, συντρίβοντας στον μικρό τελικό με 5-0 την Καβάλα. Και το προηγούμενο Σάββατο στην Θεσσαλονίκη πάλι η Μικτή Νέων διεκδίκησε την «κούπα», αλλά η Αθήνα ήταν αυτή που την σήκωσε ψηλά.