Τέλος στην «περίοδο ανοχής» όσον αφορά στους ελέγχους για την τήρηση ή μη των κανόνων της πολλαπλής συμμόρφωσης (αγρο-περιβαλλοντικά μέτρα της νέας ΚΑΠ), θέτει η Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Πρόκειται για τα μέτρα που υποχρεώνονται να τηρούν οι παραγωγοί για την προστασία του περιβάλλοντος, ώστε να λαμβάνουν τις επιδοτήσεις τους. Με κοινοτικό κανονισμό που εξέδωσε η Ευρωπαϊκή Ένωση ρυθμίζει τις λεπτομέρειες για τους ελέγχους στην πολλαπλή συμμόρφωση και τις ενισχύσεις για τη στήριξη της αγροτικής ανάπτυξης (Πυλώνας ΙΙ).

Με τον κοινοτικό κανονισμό 1975/2006 καθορίστηκαν οι λεπτομέρειες για το πώς πρέπει να γίνονται οι έλεγχοι από τα κράτη - μέλη στους αγρότες για το εάν τηρούν τους κανόνες της πολλαπλής συμμόρφωσης (διοικητικοί και επιτόπιοι έλεγχοι), καθώς επίσης και το ύψος των κυρώσεων που θα επιβάλλονται σε περιπτώσεις καταστρατήγησης της κοινοτικής νομοθεσίας.

Επίσης θεσπίζονται κανόνες για τους ελέγχους όσον αφορά στο καθεστώς της πρόωρης συνταξιοδότησης των αγροτών και τα προγράμματα αγροτουρισμού και ανάπτυξης της υπαίθρου (Leader +).